As Knute said, you're blocking the EDT.  invokeLater()
runs your code *on* the EDT, meaning that the EDT cannot
do anything else -- like keeping the GUI alive -- until
your code finishes.

    Run your code on its own thread, not on the EDT.  When
your code needs to update the GUI, use invokeLater() to
get the updating -- and only the updating -- to run on
the EDT.

    See the Java Tutorial for examples of how to handle
long-running tasks in a GUI framework.

http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/concurrency/index.html

Here is a simple example you can try.

import java.awt.*;
import java.awt.event.*;
import javax.swing.*;

class test7 {
    public static void main(String[] args) {
        EventQueue.invokeLater(new Runnable() {
            public void run() {
                JFrame f = new JFrame();
                f.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
                f.setLayout(new GridBagLayout());
                GridBagConstraints c = new GridBagConstraints();

                c.gridx = 1;
                final JLabel l = new JLabel("Button Not Yet Pressed");
                f.add(l,c);

                final JButton b = new JButton("Start");
                b.addActionListener(new ActionListener() {
                    public void actionPerformed(ActionEvent ae) {
                        b.setEnabled(false);
                        l.setText("Running");
                        Runnable r = new Runnable() {
                            public void run() {
                                try {
                                    Thread.sleep(5000);
                                } catch (InterruptedException ie) {
                                    ie.printStackTrace();
                                }
                                EventQueue.invokeLater(new Runnable() {
                                    public void run() {
                                        b.setEnabled(true);
                                        l.setText("Done");
                                    }
                                });
                            }
                        };
                        new Thread(r).start();
                    }
                });
                f.add(b,c);

                f.pack();
                f.setVisible(true);
            }
        });
    }
}