Maybe I'm doing something wrong... Here's what I have:
-------------------------------------------------------------------------
public class test
{
   /* Main Method */
   public static void main(String args[]) throws IOException
   {

        // Promt the user for file name
        BufferedReader console = new BufferedReader(new
InputStreamReader(System.in));
        System.out.println("Enter the file name: ");
        String fileName = console.readLine();

        // Create a file object
        File file = new File(fileName);

        // Declare variables
        StringTokenizer tokenizer;
        String line, element="";
        Vector tokens = new Vector();
        int e1=0;

        try
        {
            // Start reading the file
            FileReader fr = new FileReader(file);
            BufferedReader inFile = new BufferedReader(fr);

            // Read the file till EOF
            while((line = inFile.readLine())!= null)
             {
                tokenizer = new StringTokenizer(line);

                 // Checks how many separate parts of the string
                 e1 = tokenizer.countTokens();

                 for(int count=0; count < e1; count++)
                 {
                     element = (String)tokenizer.nextToken();
                     Double elementD = Double.parseDouble(element);

                     // Check for characters
                    char [][] maps = {{'B', '8'}, {'O', '0'}};
                    for (int i = 0; i < maps.length; ++i)
                    {
                        line = line.replace(maps[i][0], maps[i][1]);
                    }

                     // Print number
                     System.out.println(element);

                    // Store number in array
                    tokens.add(element);
                 }
             }

             // Sort the vector elements
             Collections.sort(tokens);

             // Print sorted vector (comma-separated)
             System.out.println(tokens);

            // Print sorted vector elements
            for(int i=0; i<tokens.size(); i++)
            {
                System.out.println((String)tokens.elementAt(i));
            }

            // Close the file
            inFile.close();
        }

        catch(Exception exception)
        {
            System.out.println(exception);
        }

    } /* End Main Method */
}
-------------------------------------------------------------------------

And it's giving me a NumberFormatException once it gets to the number
with B instead of 8. That's when it stops.