As you mentioned in another thread, there IS a solution to this, using a
thread dedicated to reading from System.in:

import java.io.InputStream;
import java.io.BufferedReader;
import java.io.InputStreamReader;
import java.io.IOException;
import java.util.List;
import java.util.LinkedList;

public class ConsoleReader extends Thread {

    private List<String> lines = new LinkedList<String>();
    private BufferedReader reader;

    public ConsoleReader(InputStream is) {
        setDaemon(true);
        reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(is));
    }

    public void run() {
        String line;
        try {
            while ((line = reader.readLine()) != null) {
                synchronized(lines) {
                    lines.add(line);
                    lines.notifyAll();
                }
            }
        } catch (IOException ioe) {
        }
    }

    public String readLine(long timeout) {
        synchronized(lines) {
            lines.clear();
            try {
                lines.wait(timeout);
                if (lines.size()>0)
                    return lines.get(0);
                return null;
            } catch (InterruptedException ie) {
                return null;
            }
        }
    }

    public static void main(String[] args) {
        ConsoleReader reader = new ConsoleReader(System.in);
        reader.start();
        System.out.println("Enter a line: ");
        String line = reader.readLine(5000);
        if (line == null) {
            System.out.println("Timeout!");
        } else {
            System.out.println("You entered : '" + line + "'");
        }
    }

}