Hi,

I am really stuck with my program that will compare two strings and
assign scores between pairs of letters.

my sequences are read in ok

seq1 = ATCGTCGTA
seq2 = TCGTACTAA

a second file formatted as so...

A A 1
T T 1
C C 1
G G 1

is now in a 2D char array

I just cannot think how on earth to get my values out of my array, i
know if I get past this milestone I will be fine (I do not have much
java experience or knowledge at my disposal - in fact it all i can do
to understand the code I have wrote)

thanks,

Anna

to creat a dot plot import java.io.*;
import java.util.*;

class BlackBox3
{
    public static void main(String[] args)
    {
    int count = 0;
    String allChars = "";
    int loopcount;
    int i1 = 0;
    int i2 = 0;
    int array1 = 0;
    int array2 = 0;
    String t, c1 = "", c2 = "", c3 = "";
    StringTokenizer st;
    boolean flag = false;
    char tempChar;
    String s;
    char anna = 'D';
    char[][] triplet;
        try
        {
            InputStreamReader input = new InputStreamReader(System.in);
            BufferedReader keyboardInput = new BufferedReader(input);

            String File1;
            System.out.print("Enter name of file 1: ");
            File1 = keyboardInput.readLine();
            FileReader file=new FileReader (File1);
            BufferedReader buffer=new BufferedReader(file);
            String seq1;
            seq1 = buffer.readLine();
            System.out.println("Sequence 1: " + seq1);
            String seq2;
            seq2 = buffer.readLine();
            System.out.println("Sequence 2: " + seq2);
            buffer.close();

            String File2;
            System.out.print("Enter name of file 2: ");
            File2 = keyboardInput.readLine();
            FileReader file2=new FileReader (File2);
            BufferedReader buffer2=new BufferedReader(file2);
            t = buffer2.readLine();
            while(t != null)
            {
                st = new StringTokenizer(t);
                for(int stCount = 0; stCount <2; stCount++)
                {
                    s=st.nextToken();
                    if (stCount == 0)
                    {
                        c1 = c1 + s;
                    }
                    else
                    {
                        c2 = c2 + s;
                    }
                    if (count == 0)
                    {
                        count++;
                        allChars = s;
                    }
                    else
                    {
                        flag = false;
                        tempChar = s.charAt(0);
                        for (loopcount = 0; loopcount < allChars.length(); loopcount++)
                        {
                            if(tempChar == allChars.charAt(loopcount))
                            {
                                flag = true;
                            }
                        }
                        if (flag == false)
                        {
                            allChars = allChars + s;
                        }
                    }
                }
                s = st.nextToken();
                c3 = c3 + s;
                t = buffer2.readLine();
            }
            System.out.println(c1 + c2 + c3);
            System.out.println("allChars :" + allChars);
            buffer2.close();

            triplet = new char[allChars.length()][allChars.length()];
            for(int column1 = 0; column1 < allChars.length(); column1++)
            {
                for(int column2 = 0; column2 < allChars.length(); column2++)
                {
                    triplet[column1][column2]='0';
                }
            }
            for(int column3 = 0; column3 < allChars.length(); column3++)
            {
                triplet[column3][column3]=c3.charAt(column3);
            }
    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
    //I am trying to say, when seq1charAt = O i dont know im so stuck
    //
    //    for(int loop0 = 0; loop0 < seq1.length(); loop0++)
    //        {
    //            for(int loop1 = 0; loop1 < seq1.length(); loop1++)
    //            {
    //                for(int loop2 = 0; loop2 < allChars.length(); loop2++)
    //                {
    //                    if(seq1.charAt(loop1) == c1.charAt(loop2))
    //                    {
    //                        i1 = loop2;
    //                    }else{}
    //                }
    //            }
    //            for(int loop3 = 0; loop3 < seq1.length(); loop3++)
    //            {
    //                for(int loop4 = 0; loop4 < allChars.length(); loop4++)
    //                {
    //                    if(seq2.charAt(loop3) == c2.charAt(loop4))
    //                    {
    //                        i2 = loop4;
    //                    }else{}
    //                }
    //            }
    //            System.out.print(triplet[i1][i2]);
    //        }
    /////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
        }
        catch( IOException e ) {System.out.println(e);}
    }
}